En un mundo amenazado por Grietas y monstruos donde el poder se mide con precisión, los .exes sacros "personas con poderes, mana o energia sacra u oscura" luchan por proteger a la humanidad. Kageki Yami parece ser un estudiante común de Nivel 21 que acompaña a su talentosa mejor amiga Rei Amamiya "la cual no es una .exe" a buscar un Anillo Prisma en las Reliquias Arcanas. pero un dia cegado por la ira una anomaila surge dentro de el convirtiendose en el .exe mas poderoso de el planeta